永乐十四年（1416年），朱棣返回京师，稍微听闻了汉王夺嫡的打算以及其他不轨行径，于是问杨士奇。在杨士奇的建议下，朱棣削汉王的两个护卫营，并安置其到乐安。永乐十五年（1417年），晋升他为翰林学士，兼任旧职。永乐十七年，改为左春坊大学士，兼任翰林学士。永乐十八年（1420年），因为辅导太子有失职被连坐，下锦衣卫狱，十天后即被释放。
永乐二十二年（1424年）七月十八日，六十五岁的朱棣在北征返京的途中病逝，英国公张辅、阁臣杨荣为了避免朱高煦、朱高燧趁机作乱，因此秘不发丧。永乐二十二年（1424年）八月，太子朱高炽登基称帝，这就是明仁宗。
明仁宗即位后，杨士奇升为礼部侍郎兼华盖殿大学士。成为华盖殿大学士后，杨士奇得以进入明朝内阁，从而直接参与朝政的处理。众所周知，在明太祖朱元璋废除丞相一职后，明朝内阁担负着处理朝政的职责，而就内阁首辅，更是可以称之为明朝宰相了。
二
