现代的萨迦寺
但在近代以来，多语种史料的交叉验证在历史研究中得到了越来越广泛的应用，而一些历史学家在对藏文相关史料进行了深入研究之后，又发现了宋恭帝之后几十年经历的一些蛛丝马迹。根据这些史料记载，宋恭帝在离开上都之后，一路途经今天的内蒙古、宁夏、甘肃和青海等地，最终应该是来到了今天西藏自治区南部日喀则的萨迦寺。在这里他更名为合尊法师，可能还曾经过有一个藏文名字，叫拉尊·曲杰仁钦（意思可能是天子家族的出家僧）。
而宋恭帝在萨迦寺学习佛法似乎非常用心，此后很快成为了精通藏语和梵语的佛经翻译大师，近代学者通过分析不同史料，认为他曾经将《业力果报经》、《百法明门论》和《因明入正理论》等佛教经典从汉文翻译成了藏文。而且萨迦寺学佛修行的过程中，宋恭帝应该是表现出了很高的学识与道德，以至于他后来甚至可能还成为了萨迦寺的总持。
