后来，石达开带兵回到天京后，在得知韦昌辉这样大肆杀戮，就忍不住斥责他几句。然而，这个事件也让韦昌辉明白，他如果想真正取代杨秀清的位置，或者更上一层楼，石达开必然是第一个绊脚石，所以还不如趁现在石达开只带有少量士兵回京之际，将其诛杀，以绝后患。
但是，韦昌辉还没有正式开始行动，石达开就已然感觉不安而早早逃离天京，韦昌辉未能捉住石达开，于是将石达开的家属全部杀死。而石达开逃至安庆后，起兵靖难，上奏请杀韦昌辉。
洪秀全见事态扩大，加上韦昌辉的滥杀无辜已引起天京军民的极大不满，以及石达开的讨韦大军压境，便下令制止韦昌辉滥杀。同时，在天京军民的支持下，洪秀全捕杀了韦昌辉，并将其五马分尸，享年31岁。
