为防御沙俄从水上入侵，吴大澂在松花江口设水关，将木牌连起横拦于江心，派专人驻守，监视俄船。
吴大澂还将赫哲族群众组织起来，编为"披甲"。赫哲族原本世代居住松花江和乌苏里江沿岸，《瑷珲条约》签订后，"界外"赫哲族人遭受沙俄的残酷迫害，被迫纷纷内迁，对俄人同仇敌忾。吴大澂编选的赫哲族丁勇共400名，军饷优渥。"披甲"闲时各安其业，边务紧急时则听命调遣，把守沿江各要处。吴大澂发动并依靠"民心"，使赫哲族披甲成为抗俄重要生力军。
此外，清政府在吴大澂的奏请下，还组建了图们江和松花江水师营。到1889年，松花江水师营已有官兵178人、三板船和四板船12只、噶尔萨炮15门，常年驻守巡防于松花江下游一带。
为了解决防军、练军的装备供应问题，清政府建立了东北第一个近代军事企业--吉林机器局。
最初东北各新式军队的装备均从外国购买。然而19世纪中后期，世界正处于军事变革时代，各种武器更新换代很快，旧式武器被淘汰后，新式武器的弹药供应便成为了问题。起初，东北各军依靠关内的天津机器局供应弹药，但终非长久之计，路途遥远、运费繁多姑且不论，一旦发生战争，贻误的将是宝贵战机。
