资本充足率水平方面，截至去年6月末，该行的资本充足率为12.03%，较年初的12.45%下降了0.42个百分点。一级资本充足率、核心一级资本充足率分别为11.22%、11.21%，较年初的10.43%、10.43%，分别上升了0.79个百分点、0.78个百分点。
根据中诚信国际整理的2020年同业比较，厦门农商行的指标在可比银行中表现平平。
2020年厦门农商行各项指标同业比较表
对此，中诚信国际在评级报告中提到，“（该行）业务集中在厦门市，外向型经济结构及服务‘三农’、社区及小微企业的业务定位使其业务经营和资产质量容易受宏观经济波动影响，疫情影响下不良贷款面临一定反弹压力。”
股权问题引关注
近年来，厦门农商行曾涉及多起股权司法拍卖。前十大股东中，有股东被法院强制执行、限制高消费，甚至还有股东已沦为失信公司，所持厦门农商行股权也曾被全部冻结。
有业内人士认为，受宏观经济形势影响，一些中小银行民营股东生产经营受影响较大，流动性缺乏，股权质押率高，股权变动频繁，厦门农商行也未能幸免。
在证监会此前对该行招股书的反馈意见中，也多次提到了与股权相关的问题。
据证监会官网消息，2017年12月19日，厦门农商行首次报送IPO招股书申报稿。2018年6月8日，证监会在反馈意见中对该行的股权问题进行了问询，就厦门农商行的相关股权质押及冻结情况，要求其说明是否存在导致发行人股权发生重大变化的风险。
厦门农商行前十大股东中，前四大股东为厦门象屿资产、厦门港务控股集团、厦门国际会展控股、厦门国贸金融控股，均为国有企业；第五至第八大股东福建奥元集团、中融新大集团、厦门宏信伟业投资、厦门誉联集团，分别持有该行4.88%、4.72%、2.88%、2.81%股份。
