皇室的陵园入口都是极其隐蔽的，就是为了防止盗墓贼觊觎珍宝。起初匪兵们也没能找到地宫的入口，他们无头苍蝇般到处开挖，破坏了很多地方都没能找到通往地宫的通道。后来还是从建造陵墓的老人口中得知，明楼背面有一个"哑巴院"，专门招募修建清陵的哑巴工匠，而院子北面的琉璃影壁下，藏的就是乾隆地宫的入口。
慈禧的陵墓则稍有不同，未曾设立哑巴院，所以要在明楼底下的古洞门才能进入地宫。无论是乾隆还是慈禧陵墓，都有极其坚固的"金刚门"，轻易打开不得，求宝心切的匪兵们直接上了炸药，于是两座陵墓都留下了被炸毁的痕迹。
孙殿英带领的盗掘慈禧陵的匪兵们，比在乾隆裕陵的另一支要先进入地宫，他们暴力破坏慈禧的棺椁后，被其中数不胜数的珍宝晃花了眼睛。于是在场的人疯狂地将棺椁内随葬品掠夺一空，慈禧的尸身也遭到破坏。据善后人员回忆，太后嘴角有裂痕，是孙殿英为了取出口中夜明珠所致，连随身的凤冠、衣物也被剥去，尸身就这样被遗弃在一旁的棺板上。
而乾隆裕陵一样遭到了严重破坏，地宫中本就积水颇深，宝物被掠走后，乾隆的尸骨就散落在水中。而孝贤皇后、三位皇妃的遗体同样身首异处，只有孝仪皇后因为尸身未腐而得以保存。
