在担任两广总督期间，阮元还干了一件很漂亮的事情：查禁鸦片。
鸦片流入中国，最早得上溯到雍正时期。不过，在很长时期，鸦片贸易都限定在较小的规模，没有对清朝形成严重的威胁。可是，到了19世纪初，鸦片贸易突然兴旺起来。鸦片的巨额利润，刺激了更多鸦片贩子走而挺险，就像一个英国鸦片贩子所言："鸦片象黄金一样，我可随时卖出。"其实，鸦片比黄金更抢手。
阮元对鸦片的泛滥持警惕的态度。为此，他奏请修建大黄窖、大虎山两炮台，并增兵200人防守大虎山、蕉门炮台等处，防止英军入侵。
不仅如此，阮元还给嘉庆皇帝上了一道奏折《预防英夷事略》，建议在广东严禁鸦片，并且对英国鸦片贩子采取严厉的政策，称："英吉利恃强桀骜，性复贪利。宜镇之以威，不可尽以德绥。"
