1523年，卷土重来的葡萄牙舰队又在葡萄牙驻印度总督麦罗·哥丁霍的援助下向屯门发起了进攻，但这次就没那么幸运了，明军完全压制着葡军打，葡军大败，史称西草湾之战。
经过两次大战之后，葡萄牙终于知道中国不是那么好欺负的，但因为中国人对他们的仇视，也让他们放弃了与中国和谈，只得盘踞在双屿港与周边的走私船进行贸易往来。中国有句古话："卧榻之侧岂容他人鼾睡"，1548年，明朝为扫灭沿海海盗，由浙江巡抚朱纨派都指挥卢镗、海道副使魏一恭等率战船380艘，兵6000人，踏平了双屿港。
双屿港覆灭后，葡萄牙人彻底服软了，1553年葡萄牙政府委托萨苏船长与明朝政府进行了和谈，希望可以跟大明朝做生意，明廷正色道："想在我地盘做生意可以，但是你必须要服从我们的管理，并交纳10%的关税，要是敢像以前那样乱来，下场你们懂得！"壮哉我大明朝！
