后来，朱元璋攻取了金陵，进而拿下了金华，就派人出使方国珍，让他归顺。方国珍在与众人商量之后，觉得群敌环绕，朱元璋的部队号令严明，又打不过他，不如暂时归顺，以待时变。于是，让回复使者表示归顺，还献上了大量的真金白银及精美的丝织品。之后，更是请求把自己所占领的地盘进献给朱元璋，还派儿子到金陵作质子。朱元璋直到时机还不成熟，为了稳住方国珍，把他的儿子送还，也没有接收他的地盘，还给了很高的赏赐，以安方国珍的心。同时派人册封他为福建省平章事，弟弟方国瑛为参知政事，方国珉为枢密分院佥事。方国珍只好称病，不受册封，只接受了平章的印章及诰命。
朱元璋知道后，就写信告诫方国珍："我开始认为你是识时务的豪杰，这才命你专制一方。你却居心叵测，想探听我的虚实便派你儿子来，想推却所封官爵则自称年老有病。历来聪明者可转败为功，贤能者可因祸得福，你好好想想吧"。而方国珍根本就没放在心上，认为朱元璋应该不会获得最终的胜利。所以，元廷册封他为江浙行省左丞相、衢国公，他照收不误，朱元璋写给他的信看都不看。在朱元璋再次写信告诫之后，又开始陪笑脸、送礼物了，可惜朱元璋开始不搭理他了。
方国珍在朱元璋与元廷之间，左右逢源，不顾手下的劝谏，多次反复自己的承诺。朱元璋在攻克杭州之后，开始出兵攻打方国珍，方国珍被打的一败涂地，被迫无奈之下，派儿子向朱元璋乞降，写朱元璋的降表很是可怜。最后朱元璋心软，接受了他的乞降，让方国珍到金陵当面谢罪。方国珍见到朱元璋之后顿首拜谢，被封为广西行省左丞，但是，只享食禄而不上任。直到明朝洪武7年，方国珍才去世，在各地起义军首领里，只有他靠乞降才得以善终。
