1388年，为达到最终征服北元的目的，朱元璋派蓝玉率师15万人第六次北征北元。洪武二十一年三月，明军行军到达庆州（今内蒙古巴林左旗索布力嘎）。明军行至百眼井，距捕鱼儿海还有四十里，仍侦察不到元军行迹，蓝玉想引兵退还。锦衣卫探知天元帝脱古思帖木儿正在捕鱼儿海（今中蒙边境之贝尔湖），蓝玉以王弼为前锋，急行军直奔北元汗帐。
四月十二日，明军到达捕鱼儿海南岸，探知脱古思帖木儿的营地就在捕鱼儿海东北80余里，于是发动突袭。脱古思帖木儿毫无准备，与其太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十骑匆忙逃走，蓝玉率明军精骑追击千余里也没有追上。
留在营地的北元太尉蛮子仓卒迎战，失败战死，其余北元贵族投降，其中包括脱古思帖木儿次子地保奴等64人、故太子必里秃妃以及公主等119人、吴王朵里只、代王达里麻、平章八兰等2994人、军士男女7.7万余人，俘获马4.7万匹、驼4800余头、牛羊10.24万余头、车3000余辆，以及北元宝玺、图书、金银印章等等，北元行政的根基被动摇，元气大伤，再也无法与明朝抗衡。
数月后，最后一位大元皇帝脱古思帖木被阿里不哥后裔也速迭尔杀死，也速迭儿自称蒙古大汗而不是大元皇帝，不再使用年号，帝号、大元国号被废弃，北元朝廷结束。
