元顺帝撤离大都后，继续使用“大元”国号。当时的北元据有漠南漠北的蒙古本土，关中还有王保保驻守甘肃定西，此外还有纳哈出占据的辽东与梁王占据的云南，当时的高丽也是元朝的藩国，实力尚在。
元顺帝自1368年北逃上都后驻军在开平，并二次南侵以图夺回原来的元朝首都大都复辟。 洪武二年 ，明将常遇春、李文忠率步卒八万，骑士一万，自北平往取开平，1369年六月，元顺帝迁都应昌府，骑兵2天就可以到北平，形成了实在的军事威胁。朱元璋为此展开第一次北伐，明军北追数百里，俘宗王庆生及平章鼎住等，一律处决。俘虏将士万人，车万辆，马三万匹，牛五万头。蓟北元军全部覆灭。
元顺帝失去上都后，继续北迁，到达应昌。1370年5月23日，顺帝因痢疾崩于应昌，享年50岁。其子爱犹识理达腊在和林继位为元昭宗。但是明军依旧紧追，李文忠一军出居庸关经野狐岭，一路北上，大败应昌府的北元守军。俘虏元惠宗嫡孙买得里八剌、元朝后妃宫人、诸王省院达官士卒等，并获宋元玉玺金宝十五件、宣和殿玉图书一、玉册二、镇圭大圭玉带玉斧各一，及驼马牛羊无数，遣人俱送京师。元昭宗爱猷识理达腊与数十骑遁去。李文忠亲率精骑追之，至北庆州，不及而还。在回师途中，李文忠还攻克了兴州（今河北滦平），北元军民3.69万余人投降；在红罗山（今辽宁锦州境内），北元军民又有6000余人投降。十月初六日，北元已无成建制的抵抗，明军攻占应昌之后，将应昌城捣毁，率军南归。而元昭宗则被撤退到哈拉和林，继续和明军对峙，并是不是南下劫掠。
