明军在进攻上都和应昌的同时，另一路明军开始进攻由王保保守备的西北地区。元顺帝在1368年从大都（北京）撤走的时候，封王保保为齐王，命其从其根据地山西太原北上，绕道雁门关和居庸关夺回大都。王保保依命而行。结果明军在徐达的率领下趁王保保进攻大都的机会，攻入山西，在太原城下击败了回师救援的王保保，王保保携家眷自个儿逃亡，以流木渡黄河，通过宁夏逃往漠北的和林。徐达一路向西攻占晋陕。元朝西北尽失。
元昭宗北逃到哈拉和林之后，王保保也紧随而至。二人合力，北元的实力开始恢复，两年内又开始南侵，骚扰明朝的北部各边塞。 朱元璋在徐达的建议下，在1372年发兵5万，兵分三路，以中路为正，东、西两路为奇，奇正并用，三路合击。中路以徐达为征虏大将军出雁门关，说是急攻和林，但实际上却缓慢进军，诱使北元军南下作战以便歼灭；东路曹国公李文忠为左副将军出居庸关，经应昌府攻和林，让北元出乎意料，并可在北元军南下攻中路军时包抄其后方；西路宋国公冯胜为右副将军出金兰攻打甘肃一带，作为疑兵诱使北元军分散兵力。
徐达的中路军于二月二十九日进入山西境内，先锋蓝玉出雁门关在野马川击败王保保并一路追击。三月二十日，蓝玉又于土剌河再次击败王保保。但是这样一来，明中路军孤军深入，没有按照原作战策略行事。但是徐达和蓝玉都被王保保骗了，他采用以其人之道还治其人之身，诱骗明军孤军深入。
五月初六，北元扩廓帖木儿和贺宗哲的联军在岭北击败徐达的中路军主力，明军死万余人，被迫南逃。七月十一日，偏将军汤和又在断头山被北元军击败，指挥同知章存道战死。中路军的两路均败。
