这个时期的鼠疫是怎么爆发的呢？
根源还是在于气候的异常。
曹树基在《鼠疫流行与华北社会的变迁(1580-1644年）》一文里对明清之间华北鼠疫大流行有这样的阐释：
嘉靖十二、十三年(1533-1534年），大同边卫发生变乱，残余的党羽逃往塞外，投靠蒙古俺答。这批汉人叛民不仅从事军事方面的活动，而且在蒙古地面从事建筑和农耕，并大肆招徕汉族逃民，在蒙古地面专事农业生产，导致山陕长城边外地区的农业人口迅速增加。
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