牧场变成农田对原有的鼠疫自然疫源地会产生很大的影响，土地的垦殖破坏了长爪沙鼠原有的生活环境，人鼠之间的大量接触在使人类鼠疫不断发生。
崇祯元年，在西北尤其是陕西，干旱与饥荒到处肆虐，人间已经成了马懋才《备陈大饥疏》里描述的情景，饥饿的人们不但把老鼠洞里的粮食挖出来吃，而且连死老鼠也吃，在人与老鼠密切接触的过程中，跳蚤把疾病传染给了人。
崇祯皇帝很不幸的遭遇了非常反常和恶劣的气候条件，《哈佛中国史》把他这一段儿历史叫做"崇祯之渊"。
崇祯刚一上任，干旱和饥荒和寒冷接踵而至，这次寒潮一直持续到17世纪40年代。
