再说这刘玄，迁都长安之后，虽然对如何治理国家并没有经验，可享受生活很拿手。史书记载，刘玄在长安整日不理朝政，沉湎女色，每天与众多夫人在后宫中奢宴淫乐。更夸张的是，刘玄因为经常喝得烂醉如泥，居然让一个侍中冒充自己坐在帷帐内与文武大臣议事，一来二去底下的大臣觉得有点不对劲，对刘玄便更加不满。这还不算，刘玄下令残杀那些当年扶持他坐上王位的人，不仅不虚心听取大臣的进言，还滥授官爵，所用非人。于是，绿林军内部开始出现分裂。刘玄又纵容绿林军在长安烧杀抢劫，很快便大失民心。
刘玄这个"更始帝"的位置本来就坐得不稳，加上他上台后只顾享乐，并没有为百姓谋福利，为稳定社会作出贡献，因此更始政权很快便摇摇欲坠。就在这时，赤眉军卷土重来，于公元25年六月另立汉皇族后裔刘盆子为帝，改年号为"建世元年"，徐宣任丞相，樊崇因为文化水平稍微高点，出任御史大夫。同时更始军内部产生内争，将领王匡投奔赤眉军，随即赤眉军攻入长安，杀死刘玄。但是，干掉了刘玄并没有改善赤眉军的处境。
推翻更始政权后，樊崇本该一鼓作气消灭剩余绿林军，但是他却急于论功行赏以至于贻误战机，没有占领战略要地，这给刘秀的后来居上创造了机会。
刘秀听说更始帝被杀，立即派将军邓禹率精兵两万向关中一带进发，选定北据太行山、南临黄河、地势险要、财物富实的河内郡作为大本营。他任命文武兼备的寇恂为河内太守，冠以"行大将军事"的御号。他向寇恂交代任务说："从前汉高祖与项羽争天下，把萧何留在关中，现在我让你留在河内。你的任务，是像当年的萧何那样做好后勤工作，训练士兵和战马，阻挡其他军队到这块地盘上来。"
