清朝顺治元年，多尔衮派大臣前往明孝陵祭祀明太祖朱元璋；顺治二年，多铎平定江南，带兵进入南京城，半个月后就前往明孝陵祭拜，同时还派出清兵守卫孝陵。
在清朝，祭祀明朝皇陵的传统被延续下来。康熙皇帝南巡到达金陵后，亲自前往明孝陵祭拜，康熙的做法令世人惊叹赞赏。康熙皇帝到达明孝陵后，不走神道只从旁边的甬道走，传诏大臣全部都在门外下马前行，并且对明孝陵行"三拜九叩"大礼，从孝陵出来时仍然只走甬道。
康熙皇帝对明孝陵的尊崇态度和谦卑做法，让天下人惊讶，史书记载"父老从者数万人，皆感泣"。
乾隆皇帝南巡时同样祭拜明孝陵，依然做出"三拜九叩"大礼。
