公元1402年，明成祖朱棣攻陷南京，在群臣纷纷上表请求下，朱棣"拜谒孝陵，唏嘘感慕，悲不能止"，如众臣所请，登基称帝。从明成祖朱棣开始，明朝皇帝就不再葬在南京。
明孝陵作为朱元璋的陵墓，是明朝历代皇帝的祖宗根本之地，受到高度重视，虽然远在南京，但每年都会定期举行三次大型祭祀和五次小型祭祀，如果遇到国家大事，皇帝还会专门派宗亲大臣来祭告朱元璋。
明孝陵在明朝时期被保护很好是无可厚非的，但在清朝，明孝陵同样被极力保护。
明朝末年，吴三桂带清军入关，虽然满清建立清朝已经势不可挡，但在清朝前期，满汉之间的冲突依然十分突出，清朝统治者转变四路开始笼络汉臣，其中就包括对明朝皇陵进行保护。
