你们这是想造反？愤怒的丰臣秀吉下达了著名的《伴天连追放令》，命令传教士们不允许传播天主教义，这就是禁教运动的开始。公元1596年，一艘从马尼拉去墨西哥的商船圣菲利普号被风暴吹到日本土佐，秀吉在扣押商船上讯问船员。傲慢的船长夸耀西班牙的殖民成绩，并且说天主教是征服先驱。
（长崎殉难的26个天主教徒墓碑）
啥玩意？这下秀吉彻底暴怒，他认定天主教的背后就是西班牙和葡萄牙，他们通过天主教来对日本进行文化渗透，并试图将日本变成殖民地，外国人都不是好东西！秀吉下令在京都和大坂逮捕了26名教士和信徒，将之处死，并对在日本的外国人大加排斥，这拉开了日本闭关锁国、清洗天主教的序幕。
丰臣秀吉死后天下归德川家康所有，为了加强贸易，家康倒是很优待来日本的荷兰、英国商人，也并不禁止传教士们传播天主教，家康还任命了英国人威廉·亚当斯作为自己的通商顾问，并给他改了个名字叫三浦按针。在家康的带领下，大名们也纷纷发展南蛮贸易，传教士在日本总算恢复了一些元气。这一时期大名们信仰天主教也颇多，比如说独眼龙伊达政宗就曾派家臣支仓常长前往欧洲，谒见罗马教皇和西班牙国王，要求通商。
