顺治三年(1646)，卫拉特各部（包括准噶尔部）首领二十二人联名奉表贡，清廷赐以甲胄弓矢，命其统辖诸部。--确定了主权关系，青藏高原和新疆等地 正式纳入清朝的主权版图（1635年还没有"命其统辖"，没有这种形式上的确认性授权关系）。 因此，噶尔丹对抗清朝，在关系上是叛乱。1636年和硕特首领兼卫拉特盟主固始汗遣使表示归顺后金（清朝前身），因为他是盟主，所以他归附清朝也代表卫拉特归附清朝，而后来噶尔丹对抗清朝是一种反叛了。
噶尔丹深受喇嘛教的影响，一直想建立一个以喇嘛教为国教的准噶尔帝国，所以，他第一步在1678年率兵攻灭了叶尔羌汗国（今中国南疆附近），同时，又用兵于哈萨克，巩固在那里的统治。噶尔丹在征服了西方的哈萨克汗国之后，便集结兵马和清朝互相争夺原漠南、漠北，在1690年，攻入喀尔喀，长驱东进，直取乌珠穆沁，然后拨转锋芒，在赤峰附近的乌兰布通南下。于是清朝筹集大军于1755年春分南北两路进攻达瓦齐。达瓦齐军在清军和阿布赉军的东西夹击下，很快就溃逃瓦解，达瓦齐也被霍集斯伯克擒获送交清朝，后清朝又在1757年平定阿睦尔撒纳的叛乱，准噶尔汗国彻底灭亡。1759年，兆惠率清军征服天山南路，至此天山南北尽并入清帝国版图。
