按照这种制度，原蒙古各部称为盟，是内蒙古地区最基本的行政单位，旗设旗长，即"札萨克"，为世袭之职位。旗下设佐、什，受旗长管制。若干相邻的旗为一盟，盟有盟长，由中央直接任命，多选旗长中势力大、威望高、与中央关系亲密者任之。盟为监察区，不属行政单位。当时主要有哲里木、昭乌达、锡林郭勒等盟。各盟旗直接对中央负责，受中央理藩院的管理。另外，在内蒙古地区设热河都统、察哈尔都统和绥远副将军，率军驻防要地，以加强军事控制。但各都统、将军不干涉行政事务。
清统一了蒙古各部后，对蒙古的统治策略是，既要使其不再成为朔方边患的势力，又要笼络其奴隶主们统治蒙古族人民，使蒙古成为清政府统治全国的一支重要军事力量和清帝国北部疆域不设防的屏障。包括在蒙古大力扶植推广喇嘛教，有效的收服了人心，维护了蒙古地区安定局面。
清廷还颁布谕旨严禁汉人进入蒙古地区开发耕种。所以整个清朝时期，蒙古地区农业化是在严密的朝廷监督之下进行的。
