努尔哈赤兴起后，对蒙古采取了既不同于中原汉族皇帝、也不同于金代女真皇帝的做法。他用编旗、联姻、会盟、封赏、围猎、赈济、朝觐、重教等政策，加强对蒙古上层人物及部民的联系与辖治。后漠南蒙古编入八旗，成为其军政的重要支柱；喀尔喀蒙古实行旗盟制；厄鲁特蒙古实行外札萨克制。后康熙帝说："昔秦兴土石之工，修筑长城。我朝施恩于喀尔喀，使之防备朔方，较长城更为坚固。"清朝对蒙古的抚民固边政策，其经始者就是努尔哈赤。
分而治之 宗室联姻
清朝对内蒙古实行特殊管理。一方面以联姻来笼络蒙古各部首领，以宗室女外嫁各部首领及其子侄。另一方面在政治上实行分而治之的"扎萨克制"，亦即盟旗制度。
