之后，石达开才放心得回到了天京，但可惜，石达开在天京也待不久。
石达开平常善于笼络人心，其智力和志向远比其他王爷都高。而且，石达开对洪秀全的那一套谎言并不感冒，他有自己的想法，不会轻易相信别人。
与此同时，洪秀全经过这场大难，也变得谨慎起来，不会轻易相信外人，只相信家里人。石达开成了洪秀全疑心的对象，害怕他会成为第二个杨秀清。于是，洪秀全将他晾在一边，将军权交给李秀成，政权交给自己的兄弟洪仁发和洪仁达。
其实，洪秀全的这两个兄弟本身没有什么才能，却十分贪财，喜欢瞎指挥，使得年轻气盛的石达开受不了他们。这时，他的手下劝他离开天京，前往四川站稳立足，再与洪秀全争天下，不值得留在这里受气。石达开觉得有理，便决定离开天京。
