太平军的屠戮政策，激起了满人的畏惧和反抗，屠杀无法挽回，只得拼死到底。因此在咸丰三年三月，太平军攻打江宁城（南京）时，城内的清廷官员和八旗民众无论老幼皆拿起武器反抗。据《粤匪纪事》卷4记载："老稚登城，妇女饷军，靡不荷戈以待。"守城的八旗官兵更是拼死反抗，击杀"粤匪千余人"。但是太平军兵锋正盛，即使旗人拼死抵抗给太平军造成了不小伤亡，太平军最终还是攻下了江宁。
在江宁城一战中，守城的江宁将军祥厚自杀身亡，副都统霍隆武所部全部被灭。城破之日，城内旗人和官员家属纷纷自尽，一片凄惨。太平军进入江宁城后，将满洲城围住"杀戮满人，寸草不留。"
当时整个江宁城中有满人6、7万人，太平军屠城之后仅有400余人逃出城去。为了捕杀这些逃窜的旗人，太平军下令凡是抓到一个满人的，赏银子5两。在战乱时期，5两银子的购买力还是很强的，于是村民们纷纷举起锄头镰刀出动，又抓回了不少满人。最后能逃脱者，寥寥无几。
攻破江宁后，太平军进行了大规模的搜"妖"行动，太平军士兵扛着大刀挨家挨户问有没有藏"妖"，若查出谁家藏了官府、官印和与清廷有关的东西，当即就被推出去斩首。太平军杀死旗民男子之后，妇女和儿童也未能幸免。这些旗民儿童和妇女同样属于"妖人"，必须斩尽杀绝。
一些满人妇女为了躲避追杀，穿上了汉人的衣服逃走。但是汉人女子是裹脚的，旗人妇女是天足，因此看到"大脚片者，悉数手刃之。"
