在具体的实施上，黑龙江、吉林、辽宁三省的军队组成北路军，在库页岛集结之后向日本发动攻击；其余的军队组成中路军和南路军，中路军事先和朝鲜商量好作战路线，然后和朝鲜军队联合起来，从朝鲜出发进攻日本；而南路军则从宁波乘船前往日本进行战斗。
为了令慈禧太后认可自己的作战计划，刘长佑还耐心地分析了当时的形势。在刘长佑看来，日本近年来虽然发展迅猛，但相比于地大物博的清王朝还有不小的差距。而且，在洋务运动后，朝廷已经有了一定的家底。倘若全国齐心协力攻打日本的话，日本方面是很难抵抗的。况且，周边的朝鲜、越南、缅甸等国家也会从中协助。
当时，刘长佑信心满满地将自己的计划呈递给了慈禧太后，并再三地揭露日本的野心。但是，慈禧太后等人却始终认为，欧美列强才是朝廷首要的敌人，国土狭小的日本根本不足为虑。尽管，日本侵占了琉球，但说到底还是无伤大雅的。就这样，刘长佑的奏疏如石沉大海，没有得到一点回应。有的大臣见他准备攻打日本，还笑他是主次不分，杞人忧天。
最后，慈禧太后决定用谈判的方式来决定琉球问题。
光绪五年（1879年），清廷和日本谈判了好多次，但都没有达成统一意见，使此事暂且被搁置了下来。后来，随着日本野心的进一步膨胀，甲午战争爆发了。这时，清政府才惊奇地发现，自己眼中可有可无的日本，竟然是一只潜伏已久的恶狼，且非常贪婪。
