最先谋反的是李世民第五子楚王李佑，李佑是阴妃所生，而阴妃是阴世师之女，上文说过，李渊之子李智云被隋朝阴世师所杀，后来李渊又把阴世师杀了，所以李世民和阴妃之间的关系很复杂，李佑被封王后大部分时间只留在京城，和外祖家有联系，在舅舅的劝说下蓄养死士，去封地后又不思进取，多次被李世民斥责，父子失和，终于在643年，李佑举兵谋反，不过月余就被压下，李佑被贬为庶人，赐死。不久之后就是李承乾谋反被发现。
吴王李恪则是被长孙无忌陷害，李恪是李世民的第三子，母亲为隋炀帝杨广之女杨妃，李恪少年时期可能比较聪慧，但成年后却很一般，在地方上执政多有疏漏，李承乾被废后，李世民立李治为太子，但李治确实比较柔弱，有时候所作所为难免不被李世民认可，于是李世民对着长孙无忌说：
"公劝我立雉权，雉奴懦，恐不能守社稷，奈何！吴王恪英果类我，我欲立之，何如？"
长孙无忌自然不会愿意，而李世民也没有说别的，这件事就这么过去了，很多人以此认为李世民中意李恪为太子，其实不过是个玩笑话。从史书上根本看不出李恪有什么才能，但到了653年，房遗爱谋反案发生，长孙无忌却诬陷李恪参与其中，李恪被杀，其子遭流放。李恪的同母弟弟、李世民第六子李愔遭连坐，被废为庶人，流放巴州。659年，长孙无忌获罪，李恪和李愔算是得到平反，但李愔却并没有被放回，而是继续待在巴州，667年去世。
