武昌起义后，袁世凯重新出山，担任内阁总理大臣。段祺瑞被任命为第一军统领兼湖广总督。在袁世凯逼清帝退位的过程中，段祺瑞也起到了至关重要的作用--正是他联合了几十名实权派将领联名上书，才让裕隆太后下定决心，同意发布清帝退位的诏书。
这被称为段祺瑞的
"一造共和"
。
1915年，膨胀的袁世凯要满足一下个人的虚荣心--称帝。段祺瑞是德国留学回来的，而且一向支持共和，因此坚决反对袁世凯称帝，曾五次劝谏袁世凯。袁世凯不仅不听，反而埋怨段祺瑞的不支持。段祺瑞受袁世凯知遇之恩，无奈之下，只能辞职隐退。对袁世凯称帝的事实，和王士珍一样，段祺瑞既不参与，也不说话。
