朱常洛信以为真，服用了一枚"红丸"后，觉得身体似有好转，当即对李可灼大加赞赏，《明史》中记载："有鸿胪寺官进药，何在？"朱常洛讨要药丸，还准备再服一枚。谁知这枚红丸服下后，朱常洛再也没有醒来。当时朝臣皆指李可灼等人是弑君的罪臣，但李可灼却能够安全脱身，究其原因，不外以下两种：
1、朱常洛服用红丸时，已经是奄奄一息，随时都有驾崩的可能，李可灼等人进红丸，不过就是抱着试试看的想法，本来也没指望此方能救朱常洛的命，所以无须负主要责任。
2、服用红丸是朱常洛自己的强烈要求，内阁首辅方从哲还出示了遗诏，遗诏中以朱常洛的口吻夸奖了李可灼，并要赏赐他银钱。当然也有人说方从哲和李可灼勾结，所谓遗诏实为矫诏。
因为遗诏无法使群臣信服，方从哲最终主动提出退隐，并离开了京城。但后续还是有朝臣不断质疑此事，甚至还将红丸案与梃击案联系在一起，矛头直指郑贵妃等人。最终，献泻药的崔文升、献红丸的李可灼两人被双双问罪，而在魏忠贤掌权后，又开始为"红丸案"翻案，当年弹劾方从哲、崔文升的官员大多被问了罪。
