直到1627年崇祯皇帝朱由检继位称帝后，他开始大力清除阉党，本身宦官权力就是依附于皇权存在的，皇帝一旦认真了，那宦官自然也就离灭亡不远了。在崇祯皇帝雷霆手段之下，魏忠贤党羽很快灭绝，就连魏忠贤自己也被崇祯皇帝的一套组合拳打得毫无还手之力，最终魏忠贤自缢身亡。至此阉党二百六十余人，或处死，或遣戍，或禁锢终身，使气焰嚣张的阉党受到致命打击。魏忠贤死后阉党势弱，东林党看到了机会，因此开始落井下石对阉党痛下杀手。也因为崇祯皇帝打击完阉党之后，当初被阉党打击的诸多东林党人士也因此得以再次步入政坛。
原本崇祯皇帝认为阉党以除，之后就是他大展拳脚的时候了。但崇祯皇帝哪能想到，他一手灭绝了阉党，从某种意义上讲也灭亡了明朝的未来。东林党这些文臣重新步入政坛后，并没有追随崇祯的步伐，而是处处和崇祯皇帝争锋相对。本身东林党的主张就极为空洞，没有实施理论依旧。但他们搞内斗还是很有一套的。因此崇祯皇帝整天都把精力消耗在和东林党内斗上了，国家改革政策举步维艰，崇祯皇帝万万没想到，灭绝了阉党之后，首要受害者就是他这个皇帝。
之所以会出现如此尴尬局面，这也和崇祯皇帝贸然行事有很大的关系。要知道此前东林党和阉党事实上已经形成了一个政治平衡状态。阉党和东林党相互争斗，皇帝就可以居中策应。因此不管是阉党还是东林党，他们想要不被对方消灭，他们就必须要对皇帝言听计从。在这种状态下皇帝才能获取最大的利益。但崇祯贸然的消灭掉阉党后，表面上看霍乱国家的阉党被铲除了，但实际上东林党没有了掣肘，原本的政治生态平衡被打破了。东林党一家独大，在没有任何势力可以制衡东林党，这也是为什么崇祯皇帝改革处处掣肘的原因。皇帝从一个裁判变成了要亲自和东林党死磕的对手。这样一来崇祯皇帝的优势尽失。哪里还有精力去改革国家，光顾着内斗了。
