万历皇帝长期不朝、不见、不批，造成朝廷中枢机构接近瘫痪。万历四十年（1612年），宰辅只剩下首辅叶向高一人，很多奏章留中不发，许多问题处理不了。六部只有吏部赵焕一位尚书，户、礼、工三部只有一位侍郎。都察院御史温纯罢去后，八年没有正官。因为刑部缺少处理刑法的官员，积压案子数量多、时间长，引起在押人员及其家属的不满。于是犯人家属，集体在长安门前哭诉。
万历四十七年（1619年），明军萨尔浒大败，辽东告警，京师震惊，吏部尚书赵焕带领群臣跪伏在皇宫文化门外，请万历皇帝接见群臣，商讨守卫辽东的策略。他们一直跪到傍晚，得到的却是皇帝身体不适让他们回去，赵焕情急之下说道："他日蓟门蹂躏，敌人叩阍，陛下能高枕深宫，称疾谢却之乎？"就是在危急关头，万历皇帝还是不理朝政，从此衔恨赵焕。赵焕不久之后去世，朝廷也没有给他任何恤典。
宦官肆虐
万历皇帝喜欢别人对他歌功颂德，阿谀逢迎，不喜欢听批评意见。万历皇帝喜欢只会顺情说好话的奴才，时间长了，奸佞小人就围在他身边，特别是宦官。万历长期不理朝政，见不到大臣，上来的奏章又不批，也听不到大臣的声音，他的意旨只能通过太监传达，太监的权利因此越来越大。
