但司马光依然不听章惇的合理建议，在司马光和高滔滔的联合施压下，新法被一条条废掉，章惇被贬到遥远的岭南。
章惇的遭遇，宋哲宗看在眼里，急在心里。但此时，高滔滔和司马光掌握了朝政大权，立志强国却尚未亲政的宋哲宗只能默默忍耐。
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宋哲宗是北宋历史上继宋神宗之后又一位颇有作为的帝王。
他从小就能熟背《论语》7卷，深知帝王的治国之道，再加上对父皇支持王安石变法的耳濡目染，这使得他成为了宋神宗国策的坚定继承者。
高太后执政时期，宋哲宗和太后之间的矛盾时有发生。聪明的宋哲宗则采取“智斗”的方式，和高太后、司马光等人反复周旋。直至高太后去世，宋哲宗立马召回了章惇，并任命章惇为宰相，这对胸怀大志的君臣联手战斗，上演了北宋历史上最后辉煌的一页。
成为宰相的章惇向守旧势力开炮了，他上台后的第一件事就是清算司马光。要知道，司马光和章惇两人可是一对天敌，当年司马光大手一挥，将宋军浴血奋战夺回来的土地又拱手让给了西夏，章惇当着司马光的面狠狠数落了司马光的人品，气得司马光将章惇贬官到岭南之地。现如今，章惇重返朝堂，自然不会放过旧党元老司马光。
在章惇的主持下，朝廷对司马光、范纯仁、文彦博等旧党大臣全部进行清算，参与陷害蔡确的吕大防等大臣也被章惇问罪。
之后几年，司马光的谥号被朝廷剥夺，这位编纂《资治通鉴》的历史学者，死后的结局是极其悲惨的。
然而，章惇还不满足。他制造了北宋后期著名的“同文馆狱”，借文彦博儿子的一封信件，追查到旧党势力欲发动政变废黜宋哲宗的传闻，将旧党政变集团一网打尽，帮助宋哲宗扫清了皇权障碍。
章惇之所以在后来被史学家列入《奸臣传》，就是由于章惇清算了830多名旧党大臣。
扫清变法障碍后，章惇立即采取措施，在宋哲宗的大力支持下全面恢复新法。
1094年，章惇恢复免役法，规定各地富人缴纳免役钱在100贯的基础上减收3分，即30贯，减少免役法实施的阻力。
1095年，恢复青苗法。章惇规定，青苗借钱完全出于自愿，禁止强制，只收一分利息，给散本钱，不限制多寡，减轻农民负担。
