朱以海勃然大怒，严厉训斥郑彩，并愤怒流泪，对郑彩说：朝中的忠臣都被杀光了，我朱以海还活着干什么？说罢便要跳河自杀，郑彩惶恐不已，恐担上逼死皇帝的罪名，只好跪下请罪，气焰才有所收敛，表面的矛盾虽然已经化解，然而内部的争斗却仍在暗流涌动，清军借鲁王政权内乱之际再次反扑，鲁王政权兵力不够，向海上的郑成功求救，然而郑成功却以遵奉死去的隆武皇帝为借口，拒绝出兵，一时间朱以海四面楚歌，本来已经恢复的福建各县又被清军相继攻占。
朱以海对抗清形势大失所望，后来他逃到舟山，竭尽所能，开辟出一块抗清基地，然而1651年，舟山又被清军攻陷，朱以海无奈，只好去厦门依靠郑成功，郑成功对唐王朱聿键感情深厚，对朱以海当年挖墙脚，搞内斗的做法相当痛恨，本想拒绝其入城，但又念其是皇室宗亲，便安排朱以海在金门居住，后来随着二人矛盾的升级，朱以海自知想保全性命只能自去监国虚名。
正在朱以海依附郑成功期间，永历政权也在云南等地与清军展开殊死斗争，然而抗清十几年后还是失败，永历皇帝被吴三桂用弓弦绞死，全国抗清复明的局势一时陷入灰暗，在危急关头，退居已久的朱以海再次被旧臣想起，张煌言一度上书朱以海，要求朱以海"争取闽海勋镇，速正大号，以求正统"但是郑成功、郑经父子在台湾经营多年，已成海上霸王，怎会继续遵奉一个毫无用处的前明藩王为皇帝来掣肘自己，于是朱以海只能在进门苟延残喘，公元1662年，朱以海度过了其坎坷悲惨的一生，死在金门，鲁王政权正式覆灭。
参考文献：《南明史》
