公元1646年，清军派大军想要一举平定浙东，由于浙东久旱无雨，正好给了清军陆上作战的机会，朱以海手下的大批官员纷纷投靠清军，朱以海还未组织有效抵抗，便仓皇逃离绍兴，乘船到海上飘荡，朱以海将自己的家眷交由大将毛有伦保护，然而毛有伦却擅作主张，改变路径，终被清军俘获，清军以家眷性命威胁朱以海，要求朱以海归降，朱以海虽然贪恋权力，但对清军却颇有骨气，他痛斥清朝派来的使者，大骂其暴行："平夷我陵寝，焚毁我宗庙"。
朱以海的不配合让清军十分痛恨，便加紧了收拾南明小朝廷，由于朱以海漂泊海上，不成气候，清军便决定先从朱聿键下手，几个月后，朱聿键被俘获，绝食而亡，朱聿键死后，隆武政权中许多不愿降清的大臣纷纷改换旗帜，又尊朱以海为帝，鲁王朱以海的地位发生了很大变化，朱以海后来招纳了永胜伯郑彩，朱以海的势力迅速增强，在攻占福建，消灭隆武政权后，清军由于无法适应南方气候，患病者甚多，再加上农民起义不断，清军的处境堪忧，在此情况下，朱以海抓住时机，迅速反攻。
公元1647年，朱以海誓师伐清，在出师大会上，朱以海慷慨激昂，提出着手收复福建失地，不到半年的时间，福建大多失地都已经收回，清军在福建的统治行将崩溃。然而就在福建形势一片大好的情况下，明朝内部又发生了内乱，对权力的争夺又一次将朱以海推上了风口浪尖，拥兵自重的郑彩眼看全国抗清形势一片大好，又想扩充自己的势力，取代朱以海，郑彩无故杀掉忠臣数十人。
