同治五年（1866年）善耆出生，此时的大清早已没有了往日荣光，内忧外患、风雨飘摇。身为大清勋贵，他自然是深感痛心，因而有志于学。他也少了当时很多大清贵族子弟的骄横跋扈，反倒多了几分务实求真。
当时的大清王朝，慈禧太后在听信了义和团的"刀枪不入"之后，不顾及李鸿章、左宗棠等人反对与西方列强开战。这场大战的结果，清朝溃败，1900年八国联军侵入北京，慈禧裹挟着光绪仓皇出逃，最后迫于无奈慈禧下诏以庆亲王奕劻、大学士李鸿章、肃亲王善耆处理善后。
在协调与各国停战的同时，善耆结识了日本人川岛浪速。川岛浪速，是一个典型的民族主义者，熟谙汉语的他当时正在日军中担任翻译，在中国多年的他，还有另外一种身份间谍。由于在这次庚子之变中川岛浪速曾出面劝降，因此也便与善耆相识，而同样是民族主义者的特点让二人也相谈甚欢，遂拜了兄弟。
