如此一来,只要善耆"合理操作"不出几年定能赚的盆满钵满,可是善耆在上任之后,却立刻整顿官吏,严查贪腐,在实现了税收超额增长的同时,却一分不取,悉数上缴国库。与此同时,他还进行税制改革,实行一体纳税,官员直接验货收税,不过这样的举动显然触及到了洋人、勋贵的利益,很快庆亲王奕劻便弹劾了他,他也因此去职。
显然,在晚清的政治泥淖之中,善耆并不愿同流合污,他希望能够匡扶天下,维系清朝统治,而也正是这种思想,成为了贯穿他一生的"指路灯"。1902年4月,善耆又一次出任主管税务的工巡总局管理事务大臣。他依旧不改初心,在其任职内又进行了一系列的改革。