当时主张优先海防的李鸿章和其一派，认为必须把优势资源投给海防，也就是给北洋和南洋建设水师，确保大清东南海域安定。至于新疆，李鸿章主张放弃新疆，也就是放弃塞防。李鸿章的理由如下：新疆各城，乾隆年间始归版图，无论开辟之难，即无事时，岁需兵费三百余万，徒收数千里之旷地，而增千百年之漏危，己为不值。当时清廷不少官员支持李鸿章的看法，认为可以丢弃新疆力保东南。李鸿章在《筹议海防折》中表示："新疆不复，于肢体元气无伤，海疆不复则心腹大患愈棘"。认为新疆对于大清来说并不算的重要，和新疆比起来，加强海防才是刻不容缓的事情。放弃新疆于大体无异，而将财响用于海防事务才能够很好的保障东南富庶之地。
面对李鸿章和海防派的论点，当时的陕甘总督左宗棠直接反对，不以为意，在《筹议海防》中认为"维时事之宜筹，谟谋之宜定者，东则海防，西则塞防，二者并重，决不能扶起东边倒却西边"主张在海防的同时不可忽视西北之危局，将收复新疆同海防建设并重，不可厚此薄彼，拆了西墙补东墙。并且，左宗棠上《复陈海防塞防及关外剿抚粮运情形折》中认为"是停兵节晌于海防未必有益，于边塞则大有所妨"，左宗棠认为新疆绝不可失，否则蒙古、西藏有分崩离析的危险。当时支持左宗棠的最重要人物就是军机大臣文祥，说道："前此所以力争者，我朝疆域与明代不同。明代边外皆敌国，故可画关而守。今则内外蒙古皆臣仆，倘西寇数年不剿，养成强大，无论坏关而入陕甘，内地皆震，即窜入北路，蒙古诸部落即将叩关内徙，则京师之肩背坏。彼时海防益急，两面受敌，何以御之？"这段话的大致意思就是说，如果任由占据新疆的阿古柏势力做大，不仅会失去新疆，连蒙古也会岌岌可危，而蒙古又是北京的屏障，万一将来危机蔓延至蒙古，北京又有何屏障可守呢？可以说保新疆就是保中国。
当时清廷的主政者慈禧太后在权衡利弊之后，力排众议，做出了决定出兵收复新疆的决策。公元1875年6月，慈禧任命左宗棠为钦差大臣督办新疆军务，同时以沈葆桢、李鸿章分别督办南、北洋防务。左宗棠争取到了用兵新疆的权力，终于在公元1876年，率六万征西大军浩浩荡荡地开赴新疆。西出玉门关之时，左宗棠带上自己的棺木慷慨悲歌出关西行，以示与沙俄等侵略者决一死战。
