醇亲王奕譞虽然不是皇帝，但在晚清的朝堂中，他的影响力却不容忽视。爱新觉罗·奕譞是道光帝旻宁的第七子，咸丰帝奕詝的异母弟，同时也是光绪帝载湉的生父，宣统帝溥仪的爷爷，而且他的大福晋乃是慈禧太后的胞妹。正是由于这些关系，他成为了光绪初年军机处的实际控制者。
从第一次鸦片战争开始，西方列强便开始不断凭借坚船利炮侵扰中国，痛定思痛之下，李鸿章、左宗棠等一批有识之士开始不断建议朝廷加强海防，之后在洋务派的一致努力下，"海防"之论最终压倒"塞防"，清廷开始决心加快海军建设。
从光绪元年 （1875年）开始，清廷先后建立了北洋水师、南洋水师、广东水师和福建水师，其中尤以李鸿章所主导的北洋水师发展最为迅速。然而，由于清廷并未设立专门的海军衙门，导致无法对四支海军进行有效统一指挥，左宗棠曾建议设立，但并未获准。结果，福建水师在光绪十年（1884年）的马尾海战中全军覆没，清廷这才意识到设立海军衙门的重要性。
光绪十一年（1885年）10月，清廷正式设立总理海军事务衙门，而第一任总理大臣便是醇亲王奕譞，另设会办大臣两名，分别由庆郡王奕劻、直隶总督李鸿章担任。奕譞虽然不通海事，但他却有一个优点，那便是比较开明，因而便放手让更加专业的李鸿章去干，自己则在幕后鼎力支持。
