久而久之，大家都知道朝廷中出了一个名叫刘宗周的"倔老头"。崇祯皇帝不想同忠诚的刘宗周发生正面冲突，但倔强的刘宗周却首先表达了自己的不满。他先是请求回乡养病，然后上书指责崇祯帝是非不分，亲小人、远贤臣。崇祯帝看了之后火冒三丈，他立即将刘宗周革职为民，令他回乡好好反省。丢官之后，刘宗周一点也不感到失落。他心平气和地脱掉官服，继续沉浸在儒家典籍之中。
认真学习几年后，刘宗周对儒家的理解更深了。他对前人的某些观点提出了质疑，并有理有据地做出解释，使得儒学得到了进一步的发展。"慎独"之说，就是刘宗周学说的宗旨。他在自己的著作中反复强调"慎独"之重要。他说："慎独是学问的第一义。言慎独而身、心、意、知、家、厕、天下一齐俱到。故在《大学》为格物下手处，在《中庸》为上达天德统宗、彻上彻下之道也。"
又说："《大学》之道，一言以蔽之，曰慎独而已矣。《大学》言慎独，《中庸》亦言慎独。慎独之外，别无学也。"可见，刘宗周把"慎独"提到了很高的地位。他认为"君子之学，慎独而已矣"，"学问吃紧工夫，全在慎独，人能慎独，便为天地间完人。"
明王朝灭亡后，福王朱由崧在南京登基称帝，史称弘光帝。为了稳固局势，弘光帝诚恳地请德高望重的刘宗周出山。当时，占据京城的满清八旗对弘光帝虎视眈眈，偏安一隅的南明政权岌岌可危。刘宗周上任之后，不练兵、不筹饷，而是一味地劝弘光帝重视品德修养，勤于政务。
