其中，菌落总数超标是不合格产品中最突出的问题，共发现78次，占不合格比例超过5成，达到了57.3%。
香肠肉制品是富含淀粉、蛋白质和油脂的食品，非常适合微生物的生长，因而，其中的细菌繁殖可能较快，降低食品的食用安全性。
菌落总数是指示性微生物指标，并非致病菌指标。主要用来评价食品清洁度，反映食品在生产过程中是否符合卫生要求。
《食品安全国家标准 熟肉制品》（GB 2726-2016）中规定，熟肉制品（除发酵肉制品外）一个样品中菌落总数的5次检测结果均不得超过10万CFU/g，且至少3次检测结果不超过1万CFU/g。
上海双汇大昌有限公司上海分公司生产的双汇精选培根（180g/袋,2017/7/20）5次菌落总数检测结果分别为88000000、140000000、11000000、150000000、3400000CFU/g，全部超过标准最大限值（10万CFU/g），超标最高到达1500倍。
该公司生产的另一批次双汇精选培根（180g/袋，2017/7/23）5次菌落总数检测结果分别为73000000，29000000，48000000，67000000，30000000CFU/g，同样全部超过标准最大限值。它们均属于超标程度较高的产品。
菌落总数超标较多的话，其安全性存在较大隐患。菌落总数超标会加速肉制品的腐败变质，破坏营养成分，使其失去食用价值，严重的甚至会引起呕吐、腹泻等危害。
一般来说，菌落总数超标的原因，可能是原料初始菌落数较高，或者个别企业可能未按要求严格控制生产加工过程的卫生条件。
