为了消除朱聿键可能带来的威胁，弘光帝很快将其他迁至了平乐府（今广西桂林一带）。朱聿键刚刚动身，弘光一朝定都的南京便被清军攻破。他不得不转而前往嘉兴避难。清军当前，不少明朝老臣心里极为不甘，他们认为朱聿键是一个具有统国能力的人物，便扶持他在福建建宁监国。
朱聿键正式称帝，在福州建立了隆武政权。
朱聿键在位期间，南明其实已经无力回天。在朝中当道的大多是想用拥戴之功换取功名利禄者。一个由老人手临时组建的新班底，不可能有什么作为。假如朱聿键有什么闪光点的话，那就是他重用郑成功。
因为帮助朱聿键继位，海盗出身的郑芝龙受封平虏侯。因为具有拥帝之功，郑芝龙四处搜刮民财，为己谋利。但是这个奸邪之臣却生下了郑成功，郑成功后来成为一个史诗般的英雄。
