▲影视剧中的杨秀清形象
正是由于东王的强烈反对，洪秀全才下令终止焚书运动。但是洪秀全并没有完全死心，他又下令设计删书衙，所有儒家经书都必须要删改后才能正式发行。1860年之后，洪秀全又对传统文化激烈排斥，据《漏网喁鱼集》记，苏州"书籍字画，可谓罄洗一空"。《苏台糜鹿记》也说："即如书籍，贼皆无所用，……或抛散一空，或抽弃一册，甚至顺风扯去，片片飘扬，灰尘溷厕中，时有断简残编。"在昆山巴溪，"经书典籍，弃等废物"。所有的这一切，都导致知识分子对太平天国的普遍失望，致使太平天国的领导层拥有三百六十行，唯独没有什么读书人。人才的青黄不接，使得太平天国的发展难以为继
洪秀全这种既要利用儒学，又要打倒儒家宗师权威的做法，不仅给曾国藩等提供了号召天下儒生反对太平天国的口实，而且造成了太平天国统治集团内部的分裂。后来，杨秀清被杀，整个太平天国元气大伤。而继任杨秀清总理朝政的洪仁玕，在对儒学的推崇上也与洪秀全等人产生严重分歧。
最后，还有一点，洪秀全虽然也吸取了大量的民间巫术，但也因为尊崇上帝独一真神的原因，到处打砸民间神祗的寺庙和雕塑，其野蛮行径引起了民间的强烈不满。他们对太平天国的愤懑，虽然暂时会因为恐惧而不敢反抗，但是只要时机一到，他们就会揭竿而起，成为太平天国的新敌人。
