再到后来契丹首领孙万荣作乱，攻陷冀州，武则天为了稳定局势，重新起用狄仁杰为魏州刺史。孙万荣闻听狄仁杰被起复，不战而退。神功元年（697年），狄仁杰再次拜相，担任鸾台侍郎、同凤阁鸾台平章事。这时候狄仁杰快七十岁了，此时的武则天也已经七十多岁了，这时候就涉及到了一个立储的问题，大臣们基本上是分成两派，一派是支持武则天的儿子李显，另一派是支持武则天的侄子武承嗣，武则天就询问狄仁杰的意见。《资治通鉴·唐纪二十二》中记载：
太帝以二子托陛下。陛下今乃欲移之他族，无乃非天意乎！且姑侄之与母子孰亲？陛下立子，则千秋万岁后，配食太庙，承继无穷；立侄，则未闻侄为天子而祔姑于庙者也。"
狄仁杰对武则天说：""先帝将二子托付于陛下，陛下现在却要把天下移交给外姓吗？况且，姑侄与母子哪个关系更亲近？陛下立儿子为太子，千秋万岁后可以配享太庙。若立侄子，从没听说有将姑姑配享宗庙的，所以于情于理，都得立庐陵王李显。《旧唐书·卷八十九·列传第三十九》也记载：
唯仁杰每从容奏对，无不以子母恩情为言，则天亦渐省悟，竟召还中宗，复为储贰。
