嘉靖副本虽世存四百余册，但是全貌已经不复存在，但是正本的下落一直都是未解之谜。很多学者认为，正本的根源，更多的倾向于明末清初的战乱，或是明世宗对于《永乐大典》爱不释手带入永陵陪葬。这两点都稍有瑕疵，战乱损毁文渊阁，但没有人敢肯定正本就在其中。而带入祖先的功绩作为陪葬，明世宗是否有这个勇气也待商榷。不管怎样，破坏永陵寻求结果并不实际。
如今正本《永乐大典》下落不详，而手抄本也不负完整。如今我们面对这不巨作，只能遗憾的通过史书记载一观全貌。不过值得一提的是，倘若不是《永乐大典》，像《旧唐书》、《资治通鉴续编》这些在明末已经失传，是在清朝时期这些估计又再次从永乐大典中再抄出来，否则我们现在的二十四史就是二十三史了。2014年，南京图书馆将明朝内府所抄的《永乐大典》残页对外展出。几百年后，手抄本重见，直面已经微微泛皇，好像诉说着陈年旧事。展出的仅有一页残页，而高度上已经不尽完整。但是上面的文字百年后仍是鲜艳如初，像大众诉说着当年《永乐大典》的光辉。
