洪武十五年，马皇后去世。朱元璋把她葬入了正在修建的陵墓，又因为马皇后的谥号是孝慈皇后，所以这座陵墓也被称为孝陵。
到了洪武三十一年，朱元璋去世，他也被葬入该陵墓，并且与马皇后合葬，两人合葬的地宫也被称为宝城。
相传朱元璋下葬的时候，为了防止以后有人盗他的墓，当时就有人想了一个办法。出殡这天，一共有十三支车马仪仗完全相同的队伍，分别从南京的十三个城门出去，给人造成了一种错觉，完全不知道哪一个才是真正的送葬队伍。
孝陵的大门坐北朝南，正对着梅花山，在门额上面写着"明孝陵"三个大字。明孝陵总体的布局一共分为两个部分，第一个部分是引导建筑的神道。第二个部分是陵寝的主体建筑。孝陵纵深有2.62公里，周长22.5公里，是我国现存规模最大的古代帝王陵墓之一。
