既然职能没有了，那奴儿干都司组织结构已经不复存在，其招抚职能随即消失。基本名存实亡，有些网上资料显示"奴儿干都司被废除"也是指这个，其实这并不准确，奴儿干都司的"名"还在，宣德之后，奴儿干都司的官员还时见史书记载，也就是明朝名义上还是保留了这个机构，但也只剩名义上而已（因为明代军职世袭制度和奴儿干都司三个主要负责人的鞑官身份，所以不太好废除）。
奴儿干都司的很多卫所都是沿着乌苏里江，黑龙江设立的，因为当时河流就是主要的交通路线。
不过，自成化中叶以后，不再见有奴儿干都司机构的活动，此后奴儿干地区有关事务，均由辽东都司直接过问、管理。
而且，此时"奴儿干"还有了类似汉代"西域"的地理概念，比如刚刚上文提到的，万历《大明会典》记述，"奴儿干都司，卫三百八十四，所二十四，站七， 地面七，寨一。"这并不是说有个叫奴儿干都司的地方管理这里，而是明朝把这一片仍然沿袭叫"奴儿干都司"，这成了明代在东北羁縻体系的概念代称。
