《太祖实录》中，记载建文帝已自焚而死，这应该是朱棣的一种巩固统治的手段，是为了掩人耳目，明显有自欺欺人之嫌。作为燕王朱棣窃取了侄儿的大明江山，名不正言不顺，为巩固新生政权，稳定民心，与其说肯定建文失踪，不如肯定他自焚而死，这样做对于巩固他的皇权有利。
但历史就是历史，不以某个帝王的意志为转移的，史学界更多的认为建文帝没有自焚，而是逃出了南京，去向不明。说建文帝已死，连朱棣自己都不相信，朱棣当上了皇帝后的最大一块心病，就是担心建文帝朱允炆没死，害怕他纠集余党卷土重来。当时对建文帝的去向有两种猜测：一是逃向了海外，一是隐藏在民间。
说逃往海外是完全可能的，因为15世纪初世界的航海业发展非常迅速，中外交流密切。许多外国商船经常与明朝商人做生意，建文帝随意搭上一艘商船，然后逃向国外定居，这是轻而易举的事。为此朱棣才派了郑和七下西洋，意图很明显，就是要打着宣扬明朝德政，炫耀富强的幌子，秘密寻找建文帝的下落，但始终没有在国外找到建文帝的蛛丝马迹。
