建文帝在三位大臣的辅佐下，顺利的将周王朱橚、岷三朱楩、齐王朱博、代王朱桂等削爵贬为庶民，又逼迫湘王朱柏自杀。然而藩王之中燕王朱棣，除了手握重兵外，更是足智多谋，朱棣是建文帝最大的心头大患，一时难以仓促下手。
朱棣在姚广孝的帮助下，发动了靖难之役。1402年他们在北平誓师，以"诛奸臣齐泰，黄子澄，清君侧"的名义起兵反叛朝廷，叔侄俩整整打了4年，最后，朱棣攻破南京，才出现了开头皇宫被烧建文帝自焚的一幕。
建文帝究竟下落如何？史学界一直争论不休。朱棣真的不知道建文帝的下落吗？还是知道其下落，放了建文帝一马？
一说建文帝自焚了，依据主要是大明的《太祖实录》等一些正史中的记载，由于那是正史，谁也不敢非议。因为《太祖实录》一书中是根据朱棣意图编辑的，书中更不承认建文这一朝代的存在，把建文年号取消，用洪武纪年，因此该书为代表的正史，就带有严重的统治者的倾向，不足为信。
