在清廷命令南洋军舰北上的同一天，清廷得到消息："倭兵三队，每队三万来华。已于昨日开行，日内南北洋恐有战事。"清廷不知道日军的确切登陆点，只好下令让各地严防，南洋水师的第一次北上就此取消。
同年十月，日军已登陆直逼金州、旅顺，在军舰的配合下，大有直捣北洋海军基地旅顺之势。在李鸿章和其亲信盛宣怀的建议之下，清廷制定了援救旅顺的计划：派部队由北路南下，抄底后路。
在陆路救援的战略之下，海军只是辅助作用。李鸿章曾指示丁汝昌："如贼水陆来逼，兵船应驶出口，依傍炮台外，互相攻击，使彼运船不得登岸。"
但是对形势没有清晰认知的军机处却下达了让北洋水师主动进攻的命令："现在贼逼金州，旅防万分危急。其登岸处在皮子窝，必有日舰湾泊及来往接济。著李鸿章即饬丁汝昌、刘步蟾等，统率海军各舰，前往游戈截击，阻其后路。"
但是此时的北洋水师已经无法主动进攻。因为皮子窝有大舰14艘，运船26艘，都装备了快炮，而北洋军舰只有6艘。另一方面，定远、镇元两艘军舰还要等到涨潮的时候才能行驶。当时的旅顺各方人员几乎都四处逃离，这导致北洋海军的后勤补给几近崩溃。这样的局面之下，北洋水师只能被动防御。
