宣统元年（1900年），清廷再次对"就地正法"制度进行修改，之所以要进行修改是因为光绪八年制定的就地正法条例，虽然清廷一再强调不准地方督抚大员援引就地正法条例滥杀，但晚清社会混乱、匪盗横行、地方督抚官员腐败堕落，以滥杀无辜平民充当匪徒邀功者，比比皆是。在一些地方，民众不堪"就地正法"条例之苦，纷纷起来反抗，于是匪剿越多，地方几近糜烂，清廷渐趋灭亡。
为缓解社会矛盾，宣统元年修改的"就地正法"条例，对地方督抚的先斩后奏权进行了新的规定：除剿办胡匪的东北三省外，各省"土匪、马贼、会匪、游勇"，只有"啸聚山林，抗拒官兵，形同叛逆"时，才准地方督抚实行先斩后奏之权。这个办法由清廷自上而下颁布实行，并且详细论证了匪徒抗拒官兵的情形，非是在街上阻挠公务、破坏交通等行为，而是官军出兵征讨时，匪徒聚集山林以武对抗，死不投降者。这是清廷第一次从司法诉讼的角度对先斩后奏的解释，其主要目的还是避免地方督抚滥杀，以缓解社会矛盾。
为了进一步明确就地正法的施行要求，明确规定先斩后奏的具体细则，清廷在修订的"就地正法"案上依照旧例参考新法，详列了以下几种人可以先斩后奏，适用于"就地正法"条例：
第一种，聚众谋反，就地正法：这种情况被称之为"谋逆"、"谋大逆"，在封建社会谋反者一般会被凌迟处死，还要株连九族。因此这一种人被抓捕之后，几乎是九死无生，实行就地正法，先斩后奏也是便宜行事。太平天国后期，石达开在大渡河被捕之后，四川总督骆秉章等人也是不及奏报朝廷便将石达开处于凌迟之刑。处决石达开之后，骆秉章下令将他的首级割下送往北京查验。在护送石达开首级去北京的途中，因天气炎热，首级已然腐烂，于是护送官兵在湖北将石达开首级丢进长江之中，清廷也因地方督抚便宜行事不予追究。
