在清朝连续不断的招降下，各地的土司纷纷归附，其中贵州贵阳府、安顺府、都匀府、镇远府、思南府、思州府、黎平府等大大小小数十个长官司都在顺治十五年进行了归顺，并被准许世袭。
同年12月，清军进入云南后，顺治帝再次晓谕云南各将：""云南远徼重地，久遭寇乱，民罹水火，朕心不忍。故特遣大军，用行吊伐。今新经平定，必文武各官同心料理，始能休养残黎，辑宁疆圉。
云南府、大理府、临安府、楚雄府、姚安、澂江、广南、顺宁、缅宁、曲靖等府也都在顺治十六年前后进行了归附。
为了争取西南区各土司的支持，清朝开始实施因俗而治的理念，开始推行民族区域自治，在中原地区推行的民族同化政策在少数民族地区开始了变通。清初顺治二年，全国实行剃发制度，若不按规定进行剃发者都以军法从事，然而此命令，在西南少数地区却并没有完全执行。
