在清朝统一全国的进程中，出于地方政权稳定之需，小规模的改土归流实际已陆续进行，尤其以贵州省为甚。
在清军进入贵州之时，贵州黎平府辖下的赤溪湳洞司杨鸣鸾、分管三郎司杨世勋等都得以承袭。康熙43年，石阡府苗民长官司改土归流，康熙45年，都匀府凯里司杨氏土司以土酋大恶案改土归流，入清平县。
顺治15年，贵州马乃土司龙吉兆，私造兵器，收养亡命之徒，联合鼠场营龙吉佐、楼下营龙吉祥，攻打广西泗城州土寨，安南卫之阿计、屯水桥、麻衣冲、下三阿、白屯等寨等处，云贵总督赵廷臣多次招命都不听从。同一时期，水西土司安坤因领洪承畴军队进入贵州而没有得到表功而心生怨恨，联合土司罗大顺，攻打云南；土司安重圣是水西土司安坤的外甥，水西土司反叛时，安重圣即联合自己的妻兄郎岱土司陇安藩暗中相助，使得清朝坚定了武力平叛改土归流的决心。此叛乱到康熙四年才最终平定。
清朝初年云南在吴三桂治理下，经营多年，土司相对贵州而言比较安分，较重大的改土归流在清初并不多见，但较小的改土归流仍有多起。
